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糖分析可以揭示不同类型的癌症


  • 癌症是全世界的一个主要死因,2020年近1000万例(或近六分之一)死亡由癌症导致。

  • 最常见的癌症是乳腺癌、肺癌、结肠癌、直肠癌以及前列腺癌。

  • 大约三分之一的癌症死亡源自烟草使用、高体重指数、酒精消费、水果和蔬菜摄入量低以及缺乏身体活动。

  • 在低收入和中等偏下收入国家,约30%的癌症病例系由人乳头瘤病毒和肝炎等致癌感染引起。

  • 如果能得到及早发现和有效治疗,许多癌症是可以治愈的。


将来,一点唾液可能就足以检测出早期的癌症。研究人员已经开发出一种有效的方法来解释癌细胞中糖分子的变化。

 

聚糖是一种糖分子结构,与我们细胞中的蛋白质相连。

 

聚糖的结构决定了蛋白质的功能。

 

人们早就知道聚糖结构的变化可以表明体内的炎症或疾病。

 

现在,哥德堡大学的研究人员已经开发出一种区分不同类型结构变化的方法,这可能为特定疾病的变化提供准确的答案。

 

“我们分析了大约 220 名患有 11 种不同诊断癌症的患者的数据,并根据癌症类型确定了聚糖子结构的差异。通过让我们新开发的方法在人工智能增强的情况下处理大量数据,我们我们能够找到这些联系。”这项研究的主要作者 Daniel Bojar 说道。

 

AI增强方法发现模式

 

还有其他研究小组研究聚糖的子结构,寻找描述问题所在的所谓生物标志物。

 

这通常涉及使用质谱进行统计测试,以确定癌症中单个糖的水平是否显着升高或降低。

 

这些测试的灵敏度太低且不可靠,因为不同的糖在结构上相关,因此彼此不独立。

 

Daniel Bojar 的研究团队使用了一种包含人工智能的新方法,该方法将这些问题考虑在内,并可以在数据集中找到其他人失败的模式。

 

“我们可以信赖我们的结果;它们具有统计显着性。如果我们知道我们在寻找什么,就更容易找到正确的结果。现在我们将利用这些生物标志物并开发测试方法,”丹尼尔·博贾尔说。

 

论文原文:

 

Jon Lundstrøm, James Urban, Daniel Bojar. Decoding glycomics with a suite of methods for differential expression analysis. Cell Reports Methods, 2023; 100652 DOI: 10.1016/j.crmeth.2023.100652